Jednostka powstała na mocy rozkazu Naczelnego Dowództwa Wojska Polskiego. Pułk był odpowiedzialny za loty krajowe i zagraniczne najważniejszych osób w państwie: Prezydent RP, Prezes Rady Ministrów, Marszałek Sejmu Rzeczypospolitej Polskiej, Marszałek Senatu Rzeczypospolitej Polskiej, członków Rady Ministrów.
Pułk realizował także transport powietrzny na rzecz Ministerstwa Obrony Narodowej i podległych mu jednostek organizacyjnych, np. dowództw rodzajów sił zbrojnych Rzeczpospolitej. Z floty pułku korzystały wielokrotnie głowy innych państw a także znane osobistości kultury i sportu, ewakuowani z zagranicy obywatele RP i ratownicy wysyłani z pomocą za granicę. Pułk stacjonował na wojskowym porcie lotniczym Warszawa-Okęcie.
Po katastrofie w Smoleńsku 36 Specjalny Pułk Lotnictwa Transportowego został rozwiązany, dokładnie 31 grudnia 2011 roku.
