Żaden inny papież nie zrobił tyle na rzecz dialogu międzyreligijnego co Jan Paweł II. Wojtyła był szczególnie ceniony przez Żydów za potępianie antysemityzmu, nawiązanie stosunków dyplomatycznych pomiędzy Stolicą Apostolską a Izraelem czy wizytę w rzymskiej synagodze w 1986 roku. Zachodzi pytanie, czy podczas okupacji przyszły papież brał udział w ratowaniu „starszych braci w wierze”?
Dementi samego papieża?
Powszechnie wiadomo, że w swojej młodości Karol Wojtyła miał kilku żydowskich przyjaciół w Wadowicach, m.in. Jerzego Klugera czy Czesława Jakubowicza, kuzyna obecnego przewodniczącego Gminy Wyznaniowej Żydowskiej w Krakowie, i że miał pozytywny stosunek do judaizmu długo przed wyborem na tron Piotrowy.
Jako papież, Jan Paweł II dokonał wielu gestów na rzecz pojednania pomiędzy Kościołem a innymi religiami. W szczególności przyczynił się do znaczącej poprawy stosunków pomiędzy katolikami a Żydami. Ponieważ przyszły papież spędził wojnę w okupowanej przez Trzecią Rzeszę Polsce, wiele osób zastanawiało się, czy uczestniczył w ratowaniu Żydów przed Zagładą.
Podczas okupacji Karol Wojtyła kształcił się w tajnym seminarium duchownym w Krakowie, zaledwie siedemdziesiąt kilometrów od obozu śmierci Auschwitz-Birkenau. Jednocześnie był aktorem w Teatrze Rapsodycznym, który wystawiał klasykę polskiego teatru i działał pod auspicjami „Unii”, katolickiej organizacji konspiracyjnej, z którą współpracowali m.in. Jerzy Turowicz czy Zofia Kossak-Szczucka.
W 1979 roku George Blazynski wydał w Stanach Zjednoczonych biografię wybranego rok wcześniej papieża. Powołuje się w niej na dra Josepha L. Lichtena, ówczesnego przewodniczącego żydowskiej organizacji B’nai B’rith w Rzymie i pisze, że „Unia” ratowała Żydów podczas okupacji, i że Wojtyła pomagał wyznawcom judaizmu w zdobywaniu „aryjskich” papierów i znajdowaniu kryjówek.

Jednak są pewne wątpliwości co do tego stwierdzenia. Biograf Jana Pawła II George Weigel pisze, że działalność Wojtyły w „Unii” miała charakter przede wszystkim kulturalny. Wtóruje mu Andrea Riccardi, autor innej książki o polskim papieżu. Pisze, że udział Wojtyły w konspiracji „miał charakter religijny, kulturalny i patriotyczny” i nie cechował się czynną walką z okupantem. Riccardi zapytał samego papieża, czy pomagał Żydom podczas okupacji. – Nie mogę się poszczycić prestiżowym tytułem «sprawiedliwego»- miał mu odpowiedzieć Wojtyła.
Sprawiedliwy, ale przez małe „s”?
O ile nie ma poważnych dowodów, że Jan Paweł II ratował Żydów podczas Zagłady, przyszły papież uratował żydowską dziewczynkę tuż wycofaniu się Niemców z Polski.
Na przełomie stycznia i lutego 1945 roku na dworcu w Jędrzejowie (woj. świętokrzyskie) leżała wychudzona, umierająca, zawszona trzynastoletnia dziewczynka w pasiaku. Była to Edyta Zierer. Jej rodzice zginęli w komorach gazowych w Majdanku i Bełżcu. Podczas wojny pracowała w fabryce amunicji w Skarżysku-Kamiennej. Kiedy wkroczyła Armia Czerwona, Edyta wskoczyła do wagonu z węglem. Nie wiedząc o tragicznej śmierci rodziców postanowiła ich szukać. Zabrakło jej siły w Jędrzejowie, więc wysiadła i upadła na dworcu.
Przez wiele godzin przechodnie nie zwracali na nią większej uwagi. Nagle podszedł do niej młody, przystojny mężczyzna w sutannie. –Co ty tutaj robisz?- spytał. Dziewczynka powiedziała, że chciała pojechać do Krakowa w poszukiwaniu swoich rodziców. Mężczyzna zniknął, ale po chwili wrócił z kubkiem herbaty i zaoferował, że pomoże jej dotrzeć do stolicy Małopolski. Znowu odszedł, po czym wrócił z chlebem i serem.
Kiedy zobaczył, że Edyta była zbyt słaba, by móc stanąć na nogi, przyszły papież wziął ją na ręce i zaprowadził do sąsiedniej wsi, gdzie wsiedli do wagonu bydlęcego, w pociągu który jechał do Krakowa. Przykrył dziewczynkę kocem i rozpalił ogień. Wśród pasażerów była żydowska rodzina, która ostrzegła Edytę, że tajemniczy mężczyzna w sutannie może chcieć ją oddać do zakonu.