Równolegle z przygotowaniem argumentacji uzasadniającej wypowiedzenie konkordatu przy Ministerstwie Sprawiedliwości utworzono specjalną Komisję Prawniczą, która w swym końcowym akcie oświadczyła, że konkordatu nie trzeba wypowiadać, gdyż przestał on obowiązywać w skutek naruszenia go przez Stolicę Apostolską, a także w związku z całkowicie zmienionymi stosunkami politycznymi i socjalnymi w państwie polskim. Anulowanie dokumentu zawartego pomiędzy Watykanem a Polską miało wspomóc władze w planowanym rozdzieleniu Kościoła od państwa.
W praktyce oznaczało to przede wszystkim (w 1945 r.) próbę wyeliminowania religii ze szkół publicznych i nowelizację prawa małżeńskiego.
Jedną z najważniejszych kwestii, którą władze Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej (dalej: TRJN) zamierzały rozwiązać zgodnie z intencjami likwidatorów konkordatu, był problem obecności religii w szkole.
Zgodnie z Konstytucją marcową z 1921 r. religia była traktowana jako przedmiot obowiązkowy w szkołach podstawowych i średnich, co zostało potwierdzone rozporządzeniem wykonawczym ministra Kazimierza Bartla z 1926 r. Według prawa młodzież szkolna pobierała naukę religii do 18 roku życia. Konstytucja podkreślała również, że „nadzór nauki religii w szkołach należy do właściwego związku religijnego”. Konsekwencją tego stanu rzeczy były stopnie na cenzurce, stałe formularze szkolnych świadectw z rubryką religia na pierwszym miejscu. Anulowanie konkordatu wyzwoliło lawinę aktów prawnych mających na celu uporządkowanie relacji państwo-Kościół. Jednocześnie przestał obowiązywać artykuł XIII konkordatu, na który powoływał się minister Bartel, wydając swój okólnik w kwestii religii. Już dnia 13 września 1945 r. minister oświaty, Czesław Wycech, opublikował nowy okólnik zmieniający jego rozporządzenia. Minister zarządził m.in., że: „uczniowie, których rodzice zadeklarują, iż nie życzą sobie, by ich dzieci pobierały naukę religii, ponieważ nie odpowiada to ich przekonaniom religijnym, są od nauki tego przedmiotu zwolnieni”[5]. Teoretycznie dokument ten miał jedynie, zgodnie z deklarowaną intencją, chronić bezwyznaniowców, faktycznie jednak miał uczynić religię przedmiotem fakultatywnym. Religia miała także zniknąć z egzaminu maturalnego, co w konsekwencji czyniło ją przedmiotem nadobowiązkowym. Od 1947 r. obecność katechezy w szkole była jednym z podstawowych powodów stałych konfliktów między władzą partyjno-rządową a Kościołem katolickim. Praktycznie jednak atak na nauczanie religii w szkole władze rozpoczęły dopiero we wrześniu 1948 r., początkowo ograniczając się do rejonu Śląska.
Anulowanie konkordatu przez TRJN przyspieszyło rozwiązanie kwestii nowego prawa małżeńskiego. Dnia 6 czerwca 1945 r. na posiedzeniu wspólnej Komisji Prawniczej Rady Ministrów i Krajowej Rady Narodowej, z udziałem ministra sprawiedliwości Henryka Świątkowskiego, został przyjęty projekt nowego prawa małżeńskiego. Przeciwko projektowanemu dekretowi ostro wystąpił Kościół, tak w kwestiach zasadniczych, jak i cząstkowych. Sprawą podstawową, zdaniem biskupów, była chęć zawłaszczenia przez państwo instytucji małżeństwa, które jest sakramentem świętym, a więc należy do jurysdykcji Kościoła. Nowe prawo małżeńskie wprowadzono 25 września 1945 r. Ustanawiało ono przymus ślubów cywilnych oraz ułatwiało przeprowadzenie rozwodu. Jednak szybko okazało się, że przyzwyczajenie większości Polaków do zawierania dwóch ślubów nie jest sprawą prostą. Dlatego też jeszcze w 1947 r. Sejm Ustawodawczy musiał wprowadzić poprawkę do obowiązującego prawa, pozwalającą duchownemu na udzielenie ślubu kościelnego dopiero po przedstawieniu zaświadczenia potwierdzającego zawarcie ślubu cywilnego.
