W 1869 roku powstał w Japonii Departament Wojny, na czele którego stanął wybitny japoński wojskowy – Omura Masujiro[9]. Położył on podwaliny pod utworzenie nowoczesnej armii japońskiej, zakładając szkoły wojskowe i budując zbrojownie, nie zdołał jednak uzyskać zgody na powołanie armii z poboru[10]. 17 kwietnia 1871 roku utworzono Cesarską Gwardię Przyboczną, liczącą około 10 000 żołnierzy[11]. Stanowisko głównodowodzącego Cesarskiej Gwardii Przybocznej (Goshimpei) objął Saigo Takamori. Wszystko to stało się z inicjatywy, na wniosek i za aprobatą Yamagaty Aritomo[12]. Aritomo objął Departament Wojny po zamordowaniu Masujiro w 1869 roku i w tamtym czasie współpracował z Saigo[13]. 6 lat później obaj ci wybitni wojskowi odegrają główne role w wojnie na południowym zachodzie, gdzie staną naprzeciw siebie i poprowadzą do boju armie, pierwszy samurajów, drugi wojska rządowe. Po utworzeniu Cesarskiej Gwardii Przybocznej, przystąpiono do likwidacji hanów[14]. Pomysłodawcą był ponownie, wspomniany wcześniej, Yamagata Aritomo[15]. Projekt zniesienia hanów przygotowano w kwietniu 1871 roku i hany zlikwidowano ostatecznie na mocy dekretu z dnia 29 sierpnia 1871 roku[16]. W ich miejsce wprowadzono prefektury. Celem tej reformy było stworzenie sprawnego aparatu administracyjnego, poprzez promowanie urzędników lojalnych wobec rządu cesarskiego oraz zapewnienie Japonii odpowiedniej obrony przed ingerencją obcych mocarstw przez zjednoczenie całego narodu, w szczególności rozproszonych dotychczas armii hanowych[17]. W ciągu następnego miesiąca, września 1871 roku, gubernatorzy wszystkich hanów udali się do stolicy, Tokio, w celu doręczenia rządowi cesarskiemu swoich dymisji. Zniesione mocą dekretu 261 hany na krótki czasy otrzymały status prefektur, na początku 1872 roku nastąpiła komasacja wszystkich 305 japońskich jednostek administracyjnych, w wyniku której powstały 72 prefektury i 3 miasta wydzielone. Dawni daimyo[18] uznali stawianie oporu za bezcelowe. Wszystkie te reformy spowodowały niezadowolenie znacznej części samurajów, którzy demonstracyjnie przejawiali wrogość wobec rządu centralnego i nadal pozostawali lojalni wyłącznie wobec swoich dawnych daimyo i reprezentujących ich władz dawnych hanów[19].
Po zlikwidowaniu hanów, latem 1871 roku dawne gwardie hanowe podporządkowano naczelnemu dowództwu, podlegającemu rządowi centralnemu. Państwo przejęło broń, uzbrojenie i urządzenia wojskowe, utworzono siły zbrojne pozbawione wszelkich lokalnych powiązań z dawnymi daimyo i hanami[20]. W grudniu 1871 roku Yamagata Aritomo przedstawił rządowi kierowanemu przez Saigo Takamoriego kolejny ze swoich planów, tym razem dotyczący reformy sił zbrojnych. Plan ten zawierał propozycję wprowadzenia w Japonii systemu powszechnego wyszkolenia wojskowego i zasadniczej służby wojskowej[21].
Yamagata pragnął oprzeć się na doświadczeniu narodów europejskich w tworzeniu nowoczesnych armii z poboru i nalegał na przyjęcie francuskiego modelu sił zbrojnych[22]. Zgodnie z francuskim systemem wojskowym już wcześniej zreorganizowano lądowe siły zbrojne. Stało się to 26 października 1870 roku. Tego samego dnia dokonano także reorganizacji japońskiej marynarki wojennej, w tym wypadku zgodnie z brytyjskim systemem wojskowym[23]. 4 kwietnia 1872 roku nastąpił podział Ministerstwa Sił Zbrojnych na dwa nowo utworzone ministerstwa, Sił Lądowych (Rikugunsho) i Marynarki Wojennej (Kaigunsho). Yamagata Aritomo został mianowany wiceministrem sił lądowych (rikugun tayu), ponadto zastąpił Saigo Takamoriego na stanowisku dowódcy Cesarskiej Gwardii Przybocznej[24]. Yamagata zrezygnował z obydwu piastowanych stanowisk pod koniec 1872 roku, lecz dzięki poparciu ze strony Saigo Takamoriego w lutym 1873 roku został mianowany pierwszym w historii Japonii ministrem sił lądowych (rikugun kyo)[25].
Mimo, że przedstawiony przez Yamagatę projekt utworzenia armii z poboru miał licznych przeciwników, do końca 1872 roku zakończono opracowywanie planu systemu poborowego. Stało się tak dzięki poparciu projektu Yamagaty przez Saigo Takamoriego. Dekret o powszechnym poborze do wojska (Chohei rei) został ogłoszony 10 stycznia 1873 roku[26]. Dekret ten wszedł w życie trzy miesiące później, w kwietniu 1873 roku i objął swoim zasięgiem wszystkich mężczyzn w Japonii w wieku dwudziestu lat. Służba wojskowa miała trwać 7 lat, z podziałem na trzy podokresy – trzy lata służby zasadniczej (czynnej), dwa lata tzw. „pierwszej” rezerwy i dwa lata tzw. „drugiej” rezerwy. Pobór nie obejmował mężczyzn mających mniej niż 155 cm wzrostu i nieuleczalnie chorych. Zwolnieni z obowiązku służby wojskowej byli urzędnicy administracji państwowej i prefekturalnej, studenci szkół wojskowych, głowy rodzin (jeśli byli jedynymi żywicielami), jedyni synowie i wnukowie oraz przedstawiciele niektórych zawodów. Musieli oni jednak zapłacić sumę 270 jenów, jako wykup od wojska. Podobnie mogli uczynić ci, którzy chcieli wykupić się od wojska z innych względów. Kraj został podzielony na sześć okręgów wojskowych. Na stopie pokojowej armia japońska miała liczyć niespełna 46 000 żołnierzy[27]. W ciągu zaledwie kilku lat Japonia stworzyła nowoczesną armię z poboru, opartą w całości na wzorach rekrutacji i organizacji najlepszych armii europejskich. Było to wydarzenie na miarę nowej epoki, jaką była epoka Meiji. Zatarciu bowiem uległa odwieczna różnica pomiędzy samurajem a człowiekiem z gminu.
Społeczne reperkusje wprowadzenia obowiązku powszechnej służby wojskowej miały w Japonii znaczenie doniosłe i znacznie poważniejsze niż skutki innych reform z początku epoki Meiji. Powszechna służba wojskowa równała się bowiem skasowaniu ostatnich przywilejów samurajów, dotychczasowych „obrońców ojczyzny”. Przez pewien czas po wprowadzeniu pierwszych reform byłych samurajów i dawnych daimyo traktowano jednak nadal ze szczególnymi względami. Jedną z przyczyn wybuchu wojny na południowym zachodzie było niewątpliwie zniesienie przywilejów samurajów. Następowało to stopniowo od początku restauracji Meiji, ku oczywistemu niezadowoleniu samurajów, uważających się nadal za „obrońców ojczyzny” i najważniejszy filar w gmachu, jakie stanowiło państwo japońskie. Niewątpliwie byli nim w epoce Edo, jednak z początkiem nowej epoki nastały dla nich ciężkie czasy.
