Rzeczpospolita był jedynym państwem w ówczesnej Europie, w którym schronienie mogli znaleźć wszyscy ci, którzy odważyli się zmienić swoje wyznanie. Polscy protestanci walczyli przeszło cztery dekady o przywilej, który zapewniłby wolność wyznania. Kiedy w końcu udało się przeforsować akt, który przeszedł do historii jako konfederacja warszawska, polski protestantyzm stracił swoją siłę polityczną i w XVII wieku nastąpił schyłek protestantyzmu w Polsce.

Konfederacja warszawska była unikatowym dokumentem w ówczesnej Europie. Podjęcie tak dojrzałej i odpowiedzialnej decyzji przez polską szlachtę sprawiło, że w Polsce praktycznie nie mieliśmy do czynienia ze zjawiskiem wojen religijnych. Korona była jednym z niewielu państw (w Siedmiogrodzie tamtejszy sejm uznał istnienie na swoim terenie czterech równych wobec siebie wyznań), w którym istniała swoboda wyznania[1]. I Rzeczpospolita była schronieniem dla wszystkich tych, którzy musieli uciekać z terenów, na których groziła im kara śmierci za głoszenie herezji.
W Polsce już w XIV wieku, Kazimierz Wielki wydał dwa dokumenty, które śmiało można uznać za przejaw polskiej tolerancji[2]. Pierwszy, wydany w 1341 roku, zapewniał poszanowanie i wolność religijną monofizyckim wyznaniom, a drugi dokument datowany na rok 1356, zabezpieczał interesy wyznawców prawosławia.
W szesnastowiecznej Polsce mieliśmy do czynienia z trzema okresami reformacji. Najbardziej trafnego podziału okresu polskiej reformacji dokonał Janusz Tazbir, który uznał lata 1518-1548 jako okres kryptoprotestantyzmu, lata 1548-1573 były okresem walki pomiędzy innowiercami, a kościołem katolickim oraz ostatni okresem w latach 1573-1595, który ostatecznie zakończył się przegraną protestantów[3].
Pierwsze lata reformacji w Koronie
Okres panowania ostatniego Jagiellona na polskim tronie, Zygmunta II Augusta (1548-1572), można śmiało nazwać złotym okresem polskiej reformacji. Już jego ojciec Zygmunt I Stary (1506-1548) mimo swojego negatywnego podejścia do ruchów reformatorskich, podejmował decyzje, które stały w sprzeczności z polityką Kościoła. Jedną z takich decyzji było uznanie za swojego lennika pierwszego z książąt luterańskich – Albrechta Hohenzollerna[4].
Szlachta protestancka w czasach Zygmunta II zdołała sobie wywalczyć liczne przywileje polityczne. Droga do osiągnięcia sukcesu w postaci przywilejów dla innowierców, które zostały uwieńczone przyjęciem Konfederacji Warszawskiej, nie była łatwa. Zygmunt II prowadził politykę, w której starał się nie narazić żadnej ze stron. Protestanci już w 1555 roku próbowali przeforsować projekt zgody wyznaniowej, jednak został ona odrzucona[5]. Za to w 1557 roku Zygmunt II ostrzegł protestantów, aby nie dopuszczali się bluźnierstwa przeciw rzeczom świętym. Taka decyzja nie była bezpodstawna, ponieważ wielokrotnie podczas transformacji kościołów w zbory protestanckie dopuszczano się aktów niszczenia przedmiotów świętych. Wielokrotnie w pierwszym okresie reformacji protestanci dopuszczali się aktów haniebnych. Janusz Tazbir w swojej książce Państwo bez stosów i inne szkice wymienia kilkadziesiąt takich zachowań, w tym kilkukrotne próby wtargnięcia do klasztorów na terenie Krakowa.[6] Bardzo często szlachta zmuszała proboszczów do opuszczenia parafii, a następnie przekształcała je w zbory. Te wszystkie wydarzenia spowodowały, że lata 60 i 70 XVI wieku były burzliwym okresem, który mógł w konsekwencji doprowadzić do podobnych wydarzeń, mających miejsce w krajach zachodniej Europy[7].

Duchowieństwo w Polsce posiadało jako osobny stan swoje własne sądownictwo. Jurysdykcja kościelna posiadała rozległe kompetencje, które budziły duże kontrowersje wśród szlachty protestanckiej, ale również wśród samych katolików. Jednak za sprawą Zygmunta II w rękach sądownictwa duchownego pozostały kwestie ślubów oraz uchylania się od świadczeń na rzecz kościoła. Jednak szlachta innowiercza dążyła do całkowitego zniesienia sądownictwa duchowego. Wielu posłów głośno wyrażało swoje niezadowolenie z powodu możliwości utraty mienia wobec oskarżenia o herezję. Inną sprawą było to, że sądy kościelne wydawały takie wyroki, jednak egzekucja tych wyroków była praktycznie zerowa[8].
Początkowe lata reformacji w Polsce nie spowodowały gwałtownego zjawiska przechodzenia na nowe wyznania. Było to głównie spowodowane niechęcią do tego wszystkiego co niemieckie, dlatego też luteranizm w Polsce nie miał zbyt dużo zwolenników.[9] Jednak pojawienie się na ziemiach Korony nowego wyznania jakim był kalwinizm, likwidował ten problem. Kalwinizm zdobywał sobie szerokie poparcie wśród średniej i zamożnej szlachty. Powodem, który w znacznym stopniu wpłynął na zwiększenie konwersji wśród szlachty, było przechodzenie na nowe wyznanie, znanych postaci. Do tego grona należeli Jan Łaski, Mikołaj Rej czy Jakub Przyłuski[10]. Przechodzenie wielkich magnackich rodzin jak Radziwiłłowie, Zborowscy, Firlejowie, Tomiccy, Chodkiewiczowie, powodował zwiększenie wpływów kalwinizmu na terenach, które były w rękach tych rodzin[11]. Coraz większa ilość ówczesnej elity społecznej stawała się innowiercza. Najlepszym tego przykładem był sejm w roku 1550, na którym szlachta protestancka stanowiła większość. Na tym sejmie szlachta domagała się zwołania soboru narodowego oraz zniesienia jurysdykcji biskupów w sprawach o herezję.
Tu pojawił się następny problem w postaci odmowy płacenia dziesięciny na rzecz kościoła przez szlachtę protestancką[12]. Duchowni wiedzieli, że obowiązek płacenia dziesięciny był jednym z głównych narzędzi walki z reformacją. Szczególnie w obliczu realnego zagrożenia jakim było powstanie jednego wspólnego zgromadzenia wyznań protestanckich, które mogło w sposób zorganizowany wytykać przewinienia kościoła katolickiego[13]. Spory te ciągnęły się przez kolejne lata, a apogeum dyskusji na temat roli kościoła w I Rzeczpospolitej i pozycji protestantów, znalazły swoje miejsce na sejmach egzekucyjnych w latach 1562-1569.