Konwersje wśród „prostego ludu”
Kalwiniści opowiadali się za przymusową konwersją wszystkich, który byli poddanymi w miastach i terenach prywatnych zarządzanych przez kalwinów.[14] Na swoim synodzie w roku 1559, który odbył się w Pińczowie polecano, aby za pomocą przymusu udzielać chrztu i nauczać w kalwinizmie poddanych wyznania katolickiego. W głównej mierze odnoszono się do zasady cuis regio, eius religio zawartej w pokoju Augsburskim z rok 1555[15].
Inne podejście do konwersji mieli Bracia Czescy, którzy uważali, że konieczne jest nawracanie poprzez nauczanie, bez użycia siły[16]. Byli całkowicie przeciwni stosowaniu egzekucji na tle wyznaniowym, ponieważ zdawali sobie sprawę, że to może spowodować postawienie zarzutu o stosowanie tych samych metod, co kościół katolicki. Uważali, że zmiany w obrzędach religijnych muszą mieć charakter powolnego procesu, tak aby nie zniechęcać wiernych.
Konwersja w wielkim stopniu była również uzależniona od tego, jaką postawę wobec swoich poddanych przyjmował właściciel miasta[17]. W początkowym okresie reformacji w miastach należących do katolików, innowiercy cieszyli się swobodą wyznania. Główne zabiegi czyniła szlachta protestancka, która walczyła o prawo wprowadzania własnej religii – ius reformandi[18]. Jednak tylko miastom w Prusach Królewskich udało się uzyskać te prawo i to tylko dzięki swej sile gospodarczej. Miało to również związek z dużą samodzielnością miast pruskich oraz słabo zorganizowaną obroną biskupów przeciwko reformacji. Wysiłki luteran zostały nagrodzone już w latach 1557-1558, ponieważ Gdańsk, Toruń oraz Elbląg uzyskały od Zygmunta II przywilej, który gwarantował im rozwój luteranizmu. Podobne prawa uzyskały w 1561 roku Inflanty[19].
Istniały również konflikty wśród samych protestantów, głównie między luteranami, a kalwinistami. Luteranie określali kalwinów jako nasienie diabła[20]. Bardzo często oba wyznania uważały, że mają więcej wspólnego z katolikami niż między sobą. Nastroje zaczęły się polepszać w wieku XVII.
Próby stworzenia unii
Wszystkie wyznania reformacyjne zdawały sobie sprawę, że w pojedynkę nie są wstanie rywalizować z Kościołem. Pierwsze próby zakończyły się zawarciem unii podczas synodu w Koźminku w 1555 roku. Było to porozumienie Braci Czeskich i Kalwinów. Unia przetrwała zaledwie kilka lat.
Dobrze wiedziano, że zawarcie unii byłoby pierwszym krokiem w kierunku powołania synodu narodowego. W 1570 roku udało się w Sandomierzu zawrzeć unię, w skład której weszły trzy wyznania[21]. Bardzo długo trwały rozważania nad stworzeniem wspólnej konfesji, która by zapewniła długotrwałość powstałej unii. Zdecydowano, że podstawą będzie konfesja kalwińska. Jednak w rzeczywistości tworzenie wspólnej podstawy wiary polegało na tuszowaniu zapisów, które były gorszące dla pozostałych dwóch wyznań. W praktyce jedynym wspólnym punktem była walka z Kościołem katolickim[22]. Uzgodniono, że duchowni trzech wyznań nie będą sobie wchodzić w drogę. Planowano co roku zwoływać synody, na których rozwiązywano by kwestie sporne. Porozumienie sandomierskie na pewno było jednym z preludium do uchwalenia w 1573 roku konfederacji warszawskiej. Było aktem szeroko komentowanym w całej Europie jako przykład tolerancji i wzajemnego szacunku. Nie zakończyło waśni między stronami, ale przyczyniło się do złagodzenia jej tonu, co w kontekście walki o prawo do takich samych przywilejów, jakie miał Kościół było bardzo ważne. Zgoda sandomierska była aktem tolerancji wśród protestantów, ale nadal brakowało akceptacji ze strony państwa i Kościoła. Dlatego w ostatnich latach panowania Zygmunta Augusta głośno postulowano wprowadzenie wolności sumienia. Jednak trzeba sobie zdać sprawę, że nie wszystkie nowe wyznania przyłączyły się do porozumienia sandomierskiego. Taka sytuacja spowodowałaby, że np. arianie zostaliby pominięci w akcie tolerancji.
Zakończony w 1563 roku Sobór trydencki przyjął postawę wrogą wobec wszelkich nowych wyznań, co spowodowało umocnienie sprzeciwu katolików w Polsce wobec zawarcia jakiekolwiek aktu tolerancji[23]. Na sejmie w 1570 roku frakcja katolików zdecydowanie odrzuciła projekt równouprawnienia[24]. Jedynie król okazał ze swojej strony zrozumienie dla protestantów i zdecydował się złożyć oświadczenie, w którym obiecał nie sądzić w swoich sądach spraw o herezję.
