Końcowym aktem kampanii wyborczej dla Rakowskiego było wystąpienie w studiu telewizyjnym w dniu 3 czerwca, gdzie premier tradycyjnie jako szef rządu relacjonował obywatelom, to co udało się zrealizować w trakcie prac rządu, a także to co jest jeszcze planowane.[24] Rakowski powiedział też, że wybory nie powinny dzielić, ale stworzyć wspólna płaszczyznę do działania dla dobra kraju. Współpraca miała oznaczać usuwanie wszystkich tych zjawisk, które utrudniają wyjście kraju na prostą. Wszystkie te zabiegi, nawet skomplikowana procedura wyboru kandydatów na posłów i senatorów nie okazały się żadnym realnym wsparciem dla PZPR, bo ludzie korzystali z ściągawek instruujących jak należy głosować. W niedzielę 4 czerwca przed południem Mieczysław Rakowski wraz z żoną Elżbietą Kempińską zjawił się w komisji obwodowej nr 141 przy ulicy Parkowej nr 23 w Warszawie. [25] W tym samym czasie w stolicy głosowali także inni politycy PZPR na czele z gen. Wojciechem Jaruzelskim, który był oblegany przez dziennikarzy polskich i zagranicznych zarówno przed, jak i po głosowaniu. Już pierwsze informacje jakie nadchodziły z części okręgów wyborczych nie napawały optymizmem, mimo skrajnie negatywnej kampanii wymierzonej w Solidarność większość obywateli głosowała przeciwko kandydatom koalicji. Nawet wyniki głosowania z ambasad były dla partii negatywne. Zwiastowało to nadciągającą klęskę wyborczą i możliwy upadek planów utrzymania się przy władzy przez PZPR. Ostateczne wyniki wyborów przedstawiały się w taki sposób, że wszystkie dostępne mandaty w Sejmie zostały obsadzone przez kandydatów opozycji, a w Senacie klęska partii była już zupełna, tylko jeden niezależny kandydat powiązany z PZPR – Henryk Stokłosa zdobył mandat. Lista krajowa również całkowicie upadła, czego nikt się nie spodziewał, w rezultacie premier mimo zdobycia 8 milionów głosów nie zdobył mandatu. Wejście do nowego parlamentu było ważne dla Rakowskiego, ponieważ zgodnie z planem Jaruzelski miał zostać prezydentem i de facto z Belwederu nadal sprawować władzę. Na nowego premiera typowano Kiszczaka, a dotychczasowy szef rządu miał zostać szefem partii. Zgodę na to miała wydać Moskwa, co Rakowski zanotował w swoim pamiętniku 10 maja: „W dalszym ciągu rozmowy WJ powiedział, żebym zaczął przygotowywać się do objęcia funkcji I sekretarza KC. Poinformował mnie, że rozmawiał na ten temat z Gorbaczowem, który wyraził pełne poparcie dla tej zmiany.”[26] Plan ten nie zakładał jednak katastrofy wyborczej, ani również tego, że opozycja może przejąć władzę.
W najbliższym kręgu Jaruzelskiego zakładano, że Solidarność pozostanie w opozycji przez kolejne cztery lata, a w tym czasie partia zmieni się w całkiem inny nowoczesny byt polityczny w stylu zachodnim z socjaldemokratyczną frazeologią i sposobem funkcjonowania i zarządzania. Do budowy takiej partii jak się mogło wydawać świetnie pasował Rakowski, który znał sposób działania niemieckiej socjaldemokracji. Plan ten w wyniku klęski wyborczej nie mógł być zrealizowany, zresztą nikt takiego obrotu spraw nie przewidywał ani w partii , ani w sztabie Solidarności. Przyznał to później sam Mieczysław Rakowski: W maju po rozmowach Okrągłego Stołu nasze sondaże wskazywały, że partię i jej koalicyjnych partnerów głosować będzie 14% wyborców, podczas gdy na Solidarność 40% – mówił. Reszta ankietowanych odpowiadała nie wiem. Teraz pojmuję, jak mogliśmy zakładać, że owa reszta zagłosuje na nas. Byliśmy więźniami przeszłości, w której wybory nie były wolne. Nie docierało do nas, że odpowiadający „nie wiem” nas nie wesprą”[27]. Wszystkie te założenia okazały się wielkim błędem, a w najwyższych gremiach partyjnych doszło niemal do paniki. Jaruzelski zupełnie na poważnie rozważał nawet wprowadzenie stanu wojennego. Zwołano nawet w tym celu posiedzenie Rady Wojskowej i Sztabu, w którym uczestniczył minister spraw wewnętrznych, Czesław Kiszczak. Dyskusja toczyła się na temat ewentualnego unieważnienia wyborów i możliwego wprowadzenia stanu wojennego po raz kolejny. Wprowadzenie tego rozwiązania w życie mogło się okazać zbyt kosztowne i ostatecznie zostało wykluczone. Rakowski dość cierpko podsumował wyniki wyborów: „ Ludzie już nas po prostu nie chcą” [28] Faktycznie wynik wyborów odzwierciedlał rzeczywiste nastroje społeczeństwa, które przez kartkę wyborczą zdecydowanie wyraziło odrzuciło socjalizm, okrągły stół i całą partię. Negatywny wynik wyborów sprawił, że czołowi działacze partyjni i opozycyjni starali się znaleźć drogę wyjścia z impasu. Najważniejsze dla PZPR było zapewnienie Jaruzelskiemu stanowiska głowy państwa, ale do tego potrzebna była odpowiednia liczba głosów by taki wybór był możliwy. W tym celu członkowie partii za zgodą strony opozycyjnej w trakcie wyborów, zmienili zasady ordynacji wyborczej, aby przedstawiciele strony koalicyjnej umieszczeni na liście krajowej mogli zasiąść w Sejmie kontraktowym. 12 czerwca 1989 r Rada Państwa wydała dekret o zmianie ustawy o Ordynacji wyborczej do Sejmu Rzeczpospolitej Polskiej Ludowej X kadencji na lata 1989-1993. [29]
Zmiany uzasadniano koniecznością utrzymania układu sił politycznych w Sejmie przyjętych w ustaleniach przy okrągłym stole, a także na posiedzeniu Komisji Porozumiewawczej w dniu 8 czerwca 1989 r. Na mocy nowelizacji prawa wyborczego o miejsce w ławach poselskich mogli ubiegać się kandydaci koalicji, którzy wcześniej z uwagi na to, że ich nazwiska pojawiły się na liście krajowej takiej możliwości nie mieli. Z udogodnień stworzonych przez prawo i układ zawarty między władzą a elitami solidarności nie zdecydował się skorzystać urzędujący jeszcze premier. Rakowski stwierdził, że: „Po południu rozmowa z Kiszczakiem. Powiedziałem mu, że nie zamierzam ponownie kandydować na posła. Był lekko zaskoczony, apelował, żebym jeszcze przemyślał tę decyzję.”[30] Rakowski uzasadniał swoją decyzją o rezygnacji z kandydowania tym, że nie będzie ubiegał się o mandat z łaski Kościoła.[31] Nie był to zresztą jedyny powód, który zniechęcał Rakowskiego do poddania się kolejnej weryfikacji wyborców, premier wiedział, że druga tura wyborów zgromadzi przy urnach o wiele mniej osób, a po uzyskaniu wielomilionowego poparcia nie wypadało starać się o zdobycie kilku tysięcy kolejnych głosów. Wybory czerwcowe zakończyły się więc dla partii i Rakowskiego osobiście wielką porażką. Wyniki elekcji nie oznaczały jednak końca batalii politycznej o władzę, ludzie związani najściślej z Jaruzelskim nadal mieli nadzieję na kontrolowanie procesu przemian w kraju. Na dwa dni przed drugą turą wyborów do Sejmu i Senatu odbyło się posiedzenie Sekretariatu KC, na którym dyskutowano o możliwym przebiegu XIII Plenum KC PZPR, gdzie miano przedstawić program działania partii do czasu XI zjazdu PZPR. Sprawą bardzo istotną była oczywiście prezydentura dla Jaruzelskiego oraz odbudowa partii po wyborczej klęsce. Rakowski postulował, aby pokazać społeczeństwu, że partia nadal jest siłą ofensywną i że nie zrezygnuje z walki. Ponieśliśmy porażkę – mówił. Kierownictwo popełniło błędy, ale się nie cofa. Udowodnić partii i opinii publicznej, że jesteśmy w ofensywie. To obowiązek kierownictwa partii.”[32] W późniejszej wypowiedzi Rakowski nawiązał także do tematu budowy nowego rządu, wyraził przy tym przekonanie, że nowym szefem rządu może być tylko i wyłącznie osoba z PZPR. Uznał, że tą kwestię trzeba bardzo jasno postawić w rozmowach z Kościołem i z opozycją. Oddanie stanowiska premiera to – zdaniem Rakowskiego przejście PZPR do opozycji. [33] Gdzie są granice ustępstw? pytał premier. Nawet myślenie w tym kierunku jest sprzeczne z interesem Polski. Chyba, że chcemy zupełnie oddać władzę. Rozpadnie się koalicja, rozpadną się sojusznicy.
Tow. Malinowski oświadczył, że jeśli premierem zostanie Geremek, to ZSL rozpadnie się, a on sam przejdzie na emeryturę.”[34] To co wówczas Rakowskiemu wydawało się nie do przyjęcia wkrótce stało się faktem, z którym musiał się pogodzić. Najpierw jednak doszło do planowanej elekcji Jaruzelskiego na fotel prezydenta, wbrew założeniom wybór ten dokonany przez Zgromadzenie Narodowe wcale nie oznaczał wzmocnienia partii. Po sukcesie wyborczym Solidarność miała możliwość całkowitej zmiany układu sił w PRL i takiego gwałtownego przewrotu obawiał się Kościół, jak i prezydent USA George Bush. W przeciwieństwie do swojego poprzednika był zwolennikiem ewolucyjnych przemian wewnątrz bloku wschodniego, dlatego prezydentura Jaruzelskiego była dla administracji USA sprawą bardzo istotną. Wybory odbyły się 19 lipca 1989 r i Jaruzelski faktycznie został wybrany na najwyższe stanowisko w państwie, ale przewagą tylko jednego głosu. Wcześniej za wyborem szefa PZPR na ten urząd optował prezydent USA przebywający z wizytą w Polsce. [35]
