20 maja rozpoczyna zajęcia na wydziale prawnym. Około 30 czerwca wracał z Mansfeld do Erfurtu (zwykł chodzić piechotą). Będąc niedaleko Erfurtu, w Stotternheim Lutra zaskoczyła burza. Rzekomo piorun uderzył niedaleko Marcina, powalając go na ziemię. Ten wówczas ślubuje, że zostanie zakonnikiem, jeśli tylko przeżyje. Ślubowanie najprawdopodobniej było konsekwencją jego depresji, w której przeżywał rozterki religijne. Początkowo jak się okazuje nie chciał wstąpić do zakonu, uważał jednak, że ślubowanie go do tego zobowiązało. W ten sposób 17 lipca 1505 r. Luter wstępuje do zakonu augustianów. Na początku września zostaje nowicjuszem. Po roku nowicjatu formalnie zostaje zakonnikiem. 4 kwietnia 1507 roku otrzymuje święcenia kapłańskie. W trakcie swojej pierwszej mszy przeżywa wewnętrzne rozterki. Uważa, że nie jest godzien, aby zwracać się bezpośrednio do Boga.
Po wyświęceniu Luter dalej studiuje teologię w Erfurcie. W październiku 1508 roku dostaje nominację i tym samym zostaje profesorem filozofii na uniwersytecie w Wittenberdze. Nie przerywa jednak studiów teologicznych i 5 miesięcy po przybyciu do Wittenbergi uzyskuje tytuł bakałarza Pisma Świętego. Dzięki temu mógł wykładać biblistykę. Luter kontynuuje naukę i uzyskuje stopień sententiariusza i uzyskuje prawo do wykładania Sentencji Piotra Lombarda po czym wraca do Erfurtu, by prowadzić ćwiczenia z teologii.
W październiku 1510 roku Luter gości w Rzymie. Wówczas miał odwołać się do papieża Juliusza II od decyzji Staupitza, prowincjała saskiej kongregacji. Staupitz nakazał podnieść poziom obserwancji w klasztorach augustiańskich. W Rzymie Luter dostrzegł jak głębokie jest zepsucie Kościoła. Po powrocie z Rzymu Luter zaczyna wykładać biblistykę w Wittenberdze. Jednocześnie Staupitz zaproponował mu studia doktoranckie z zakresu teologii.
Miłe złego początki – tezy, dysputa i reakcja Rzymu
Luter swoje poglądy zaczął wygłaszać już przed 1517 rokiem. Elementy jego późniejszej teologii znajdują się już w wykładach dot. Psalmów z lat 1513-1515, Listu do Rzymian z 1515-1516 czy Listu do Hebrajczyków z 1517 roku (ale przed wygłoszeniem tez). W roku 1516 pierwszy raz oficjalnie nie zgodził się z odpustami. Nie zgadzał się z ich sprzedażą, uważał bowiem, że odpusty nie są prawdziwym żalem za grzechy, prowadzą do nadużyć. W rok później Luter miał już gotowe 95 tez, które miały być odpowiedzią na nadużycia Tetzla, dominikanina, który uważał, że pieniądz jest w stanie zbawić ludzi, a ci, którzy już zapłacili za odpust nie muszą żałować za grzechy.
Luter swe tezy rzekomo miał przybić na drzwiach kościoła zamkowego w Wittenberdze 31 października 1517 roku. Nie wiadomo, czy faktycznie je przybił, nie mniej jednak tezy rozesłał m.in. do arcybiskupa magdeburskiego czy biskupa Brandenburgii. Początkowo tezy miały wzywać do dysputy akademickiej i reformy kościoła, nie zaś do schizmy.
Tezy nie skupiają się tylko na odpustach. Pierwsze cztery mówią o podstawowej teorii skruchy – jeśli ktoś żałuje nie powinien unikać kar. Tezy 5-7 mówią, że papież może mieć jedynie intencję darowania kar kanonicznych ale nie czyśćcowych a samą winę może darować tylko Bóg poprzez sakrament pokuty. W tezach 8-29 Luter nie zgadza się z władzą papieża nad duszami i mówi, że duszom w czyśćcu pomóc może tylko modlitwa. Tezy 30-40 mówią o wymazaniu kar z chwilą śmierci człowieka. 41-52 głoszą, że kupowanie odpustów w życiu prawdziwego chrześcijanina powinno mieć miejsce podrzędne. Tezy 53-80 mówią, że ważniejsze jest głoszenie Ewangelii niż odpustów. Tezy 81-90 mówią o pewnych problemach teologicznych (skoro odpust zupełny ma moc uwolnienia duszy z czyśćca, to czemu są odmawiane modlitwy za nie, czemu trzeba płacić na Bazylikę św. Piotra, skoro papież jest bogaty etc.). Ostatnie 5 tez mówi o prawdziwej wierze w Chrystusa.
