W 1216 roku Fryderyk II ponownie przysiągł papieżowi Innocentemu III, że po koronacji cesarskiej przekaże Sycylię swojemu synowi. Jednak w 16 lipca tego roku zmarł papież, czego skutkiem było przybycie Konstancji z Henrykiem do Niemiec, gdzie Henryk został przez swojego ojca mianowany księciem szwabskim. Otrzymał on również Burgundię po wymarciu rodu z Zahringen. Henryk, syn Fryderyka II, stał się tym samym księciem Rzeszy niemieckiej. Warto również wspomnieć, iż zmarłego papieża zastąpił w tym samym roku papież Honoriusz III, który był opiekunem niepełnoletniego jeszcze Fryderyka II. Z tego też powodu nowy pontifex był wobec swojego byłego wychowanka pobłażliwy w egzekucji zobowiązań krucjatowych[11].
W 1220 roku 23 kwietnia, wbrew obietnicy danej papieżowi, z inicjatywy Fryderyka II na króla Rzeszy niemieckiej wybrano ośmioletniego Henryka Hohenstaufa[12]. Sam Fryderyk 22 listopada został koronowany przez Honoriusza III w Rzymie na cesarza. W tym samym roku Fryderyk II nadał przywilej duchowieństwu – „Confoederatio cum principibus ecclesiasticis” w dowód wdzięczności, za uznanie jego syna Henryka jako króla rzymskiego. Dokument wspominał o rezygnacji cesarza z posiadłości zmarłych biskupów, a także zabraniał praktyk szkodzących ich władztwom, w tym budowy nowych miast, zamków, ustanawiania ceł czy zakładania mennic. W przywileju tym niektórzy uczeni dopatrują się głównego powodu późniejszego postępującego rozbicia feudalnego Niemiec[13]. W grudniu Fryderyk II powrócił na Sycylię po ośmioletniej nieobecności, by uczynić z Sycylii państwo z silnie scentralizowaną władzą. Model ustrojowy jaki obrał Fryderyk posiadał podobieństwa z ustrojem bizantyńskim. Na przykład silnie rozbudowany aparat urzędniczy, wysoka pozycja prawa cywilnego, czy wysokie obciążenia fiskalne nakładane na społeczeństwo. Można uznać je za pierwsze królestwo monarchii absolutnej w Europie. W sprawie krucjaty do Ziemi Świętej, Fryderyk uzyskiwał odroczenia terminu w roku 1222, 1223. W końcu 25 lipca 1225 w ramach traktatu w San Germano cesarz zobowiązał się do krucjaty, która miała ruszyć w 1227. Jako gwarancję dał zobowiązanie wpłacenia do depozytu w Rzymie stu tysięcy uncji złota, gdyby swojego zobowiązania nie spełnił[14]. Również w 1225 poślubił Izabelę z Brienne, która była dziedziczką Królestwa Jerozolimy, co pozwoliło Fryderykowi na ubieganie się o koronę jerozolimską[15].
Najbliższym współpracownikiem cesarskim, a jednocześnie pośrednikiem w stosunkach z papiestwem, był wielki mistrz Zakonu Najświętszej Marii Panny domu niemieckiego, Herman von Salza, któremu cesarz Fryderyk nadał w Złotej Bulli z Rimini prawo do ziemi w Prusach. Nie miało to miejsca, jak się powszechnie sądzi w 1226, bowiem według nowszych badań użyto w owej bulli tzw. antydatacji, datując dokument na rok 1226, który był wystawiony w rzeczywistości nieco później, w roku 1235[16]. Zakon krzyżacki okazał się ważnym instrumentem polityki cesarskiej w Rzeszy. Cesarz nawet stanowiska administracji w Niemczech obsadzał Krzyżakami. Antycesarskie nastroje w Rzeszy, szczególnie u duchowieństwa, były redukowane dzięki Zakonowi, który również mobilizował niemieckich feudałów do ekspansji na wschód w ramach krucjat pruskich[17].
W roku 1227 zmarł pokojowo do cesarza nastawiony papież Honoriusz III[18]. Na miejsce Honoriusza III wybrano Grzegorza IX, który był niegdyś przyjacielem cesarza. Znał jednak kierunek jego polityki wobec papiestwa. Był również bratankiem Innocentego III. Na początku września tegoż roku Fryderyk II z armią krzyżowców wypłynął w morze ku Ziemi Świętej z portów na Półwyspie Iberyjskim, jednak z powodu gorączki (spowodowanej upałem), która dosięgła jego i większość krzyżowców, musiał zawrócić. Z tego powodu Grzegorz IX ekskomunikował cesarza. Mimo to Fryderyk ruszył rok później do Ziemi Świętej i 24 lutego 1228 roku zawarł z sułtanem Malikiem al-Kamilem układ, według którego islamski władca przekazał Jerozolimę, Betlejem i Nazaret chrześcijanom, pod warunkiem, że Jerozolima zostanie nie obwarowana, a w rękach muzułmanów pozostanie obszar świątyni, tzn. „Skalna kopuła” oraz meczet Al-Aksa. „Frankowie” nie mieli do tych obiektów dostępu. Wioski przylegające do Jerozolimy miały być administrowane przez specjalnego urzędnika z siedzibą w Al-Bakira, więc były one w posiadaniu muzułmanów. „Frankom” miały przypaść miejscowości położone na drodze prowadzącej z Akki i Jaffy do Jerozolimy, z wyjątkiem do niej przylegających[19]. Tak więc miejsca święte dla chrześcijan zostały odzyskane drogą nie militarną, a pokojową. Mimo wszystko papież nie odwołał ekskomuniki z cesarza, a Fryderyk koronował siebie na króla Jerozolimy 18 marca 1229. Z powodu ciążącej ekskomuniki ceremonia miała charakter świecki. Ceremonia miała taką formę głównie za radą Hermana von Salza, by nie popaść w konflikt z papiestwem, a także z rycerstwem, które przybyło na krucjatę. Dlatego można się w niej dopatrzyć propagandy o nadrzędności władzy cesarskiej nad papieską[20]. Na wieść o ataku wojsk papieskich na Królestwo Sycylii, Fryderyk opuścił Jerozolimę. Gdy wrócił na Sycylię, wypędził wojska papieskie ze swego królestwa, podchodząc pod sam Rzym, którego jednak nie zaatakował, mimo, że sami Rzymianie chętnie by widzieli upadek papieża oraz swoje usamodzielnienie się. 28 sierpnia 1230 roku Fryderyk II i Grzegorz IX podpisali pokój w San Germano, w którym papież zdjął klątwę z cesarza.
W 1231 roku, w sierpniu, Fryderyk II ogłosił tzw. „Konstytucje z Melfi”, które to stały się podstawą zorganizowania scentralizowanej monarchii, jaką była Sycylia. W końcu z powodu dużego obciążenia podatkami wybuchł bunt ludności w Królestwie Sycylii. Fryderyk z tego powodu musiał uchodzić do Lombardii, przy okazji tłumiąc bunty zaistniałe w posiadłościach papieskich.
W 1235 roku cesarz stłumił bunt syna Henryka w Niemczech, który prowadził politykę przeciwną swojemu ojcu, chcąc się uniezależnić od swojego ojca. Na ustawy Fryderyka przeciw heretykom, Henryk odpowiedział potępieniem ich prześladowania. Zrównał książęta pozycją świeckich z kościelnymi, a także sprzymierzył się z przeciwnymi cesarzowi miastami, a także miastami Lombardii[21]. Za to wszystko papież Grzegorz IX na życzenie cesarza Fryderyka II ekskomunikował Henryka[22]. Ostatecznie Cesarz pokonał syna i uwięził. 15 sierpnia 1235 Fryderyk II na sejmie Rzeszy w Moguncji ogłosił „Moguncki statut pokoju ziemskiego”, w którym to na wstępie usprawiedliwiał się z surowego potraktowania zbuntowanego syna. Co ciekawe – był to pierwszy dokument prawny spisany w języku niemieckim[23].
