W kwietniu i maju 1990 roku, przeprowadzono wybory parlamentarne i municypalne. Spośród chorwackich stronnictw politycznych największym uznaniem cieszył się blok prawicowy, u Słoweńców zwyciężyli chadecy, w Bośni i Hercegowinie Akcja Muzułmańska, natomiast w Macedonii zwyciężyli socjaliści Gligorowa[23].
Wraz z końcem 1990 roku w Słowenii i Chorwacji uchwalono nowe konstytucje, które gwarantowały autonomię. W 1991 roku podjęto decyzję o przeprowadzeniu referendum dotyczącego pozostania tychże państw w federacji. Jeżeli opinia, wyrażona w referendum, byłaby negatywna, alternatywą pozostawało utworzenie konfederacji, która stwarzałaby wspólny system monetarny, a także wspólną politykę zagraniczną i obronną. Wyborcy jednak wybrali opcję drugą, a tym samym ogłoszenie obu państw samodzielnymi.
Referendum, jak i uznanie samodzielności terytorialnej Słowenii i Chorwacji nie zaprzestało szerzeniom się konfliktów. Rząd federalny nie uznał niepodległości tychże państw i zadecydował wprowadzenie wojsk jugosłowiańskich do Słowenii. Na sytuację tą zareagował świat. Przede wszystkim Europejska Wspólnota Gospodarcza wysłała misję dyplomatyczną, która doprowadziła do zawieszenia broni na trzy miesiące. Mimo to środowiska, które za wszelką cenę nie chciały doprowadzić do rozwiązania jednolitości Jugosławii, nie poddały się ustaleniom EWG. Separatyści, pod wodzą Milana Marticia[24], wyznaczyli Serbski Autonomiczny Okręg (SAO) Kraina w Chorwacji, gdzie liczne grupy paramilitarne terroryzowały tamtejszą ludność. W związku z zaostrzającą się sytuacją EWG wprowadziła embargo na handel bronią. Rosja, wobec zastanej sytuacji, nie stanęła po stronie EWG, ale nadal wspierała Jugosławię, dostarczając między innymi amunicję i ciężki sprzęt.
Walki trwały nadal, mimo że we wrześniu podpisano rozejm. Rozejmy jednak łamane były nagminnie, a dodatkowo mordy na ludności cywilnej wciąż miały miejsce. Zmusiło to do interwencji Organizację Narodów Zjednoczonych. Jej przedstawiciel, Cyrus Vance, w 1992 roku zaprezentował plan rozwiązujący konflikt. Zakładał on, że zostaną utworzone trzy strefy ochronne, zdemilitaryzowane, a na ich terenach umieszczone będą kontyngenty pokojowe.
Grudzień 1991 roku przyniósł Chorwacji i Słowenii uznanie przez Radę Ministrów ich podmiotowości międzynarodowej. Już w styczniu następnego roku Watykan i wiele państw europejskich uznały suwerenność obu państw.
Sytuacja miała się zgoła inaczej w Bośni, gdzie rządy przejęli muzułmańscy i chorwaccy przedstawiciele Prezydium Republiki. W 1991 roku to właśnie oni przegłosowali „Memorandum wolnościowe”. Serbowie zbojkotowali je, tworząc Republikę Serbską, na terenach północnych i wschodnich. Doprowadziło to do wybuchu wojny domowej,
która nie pozostała bez echa na arenie międzynarodowej. EWG oraz Stany Zjednoczone nie uznały podziału na Serbię i Czarnogórę jako dwa odrębne państwa, ale w zamian uznały istnienie Bośni i Hercegowiny, a także Serbii i Czarnogóry jako pojedynczych tworów państwowych.
Czas zweryfikował sojusz chorwacko – muzułmański, który w 1992 roku załamał się i doprowadził do zamieszek, które trwały cały rok. W ich trakcie zginęło wiele tysięcy ludzi. Tragedia, która rozgrywała się na tych terenach, doprowadziła ostatecznie do rozmów w Londynie, w trakcie których dyskutowano losy byłej Jugosławii, a w szczególności warunki konferencji pokojowej, która odbyła się w Genewie. Serbów bośniackich potępiono i oskarżono o ludobójstwo.
W 1992 r. Cyrus Vance (amerykański dyplomata) wraz z Lordem Owenem opracowali plan, który dzielił Bośnię i Hercegowinę na 7 – 10 okręgów posiadających autonomię[25]. Plan rok później przyjął Radovan Karadžić (prezydent Serbskiej Republiki Bośni i Hercegowiny)[26]. W Genewie, z kolei, Serbowie oraz Chorwaci bośniaccy poruszali ciągle żywe spory dotyczące podziału republiki ze względów etnicznych (na trzy państwa połączone konfederacją). Sprzeciw zgłosiła Liga Państw Arabskich[27], która oprotestowała wielkość terytorium, które w tym wypadku mieliby otrzymać Muzułmanie[28].
